Sekretariat Daerah Kota Bekasi dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kota Bekasi Nomor 04Tahun 2010 tentang perubahan Peraturan Daerah Kota Bekasi Nomor 04 Tahun 2008 tentang Pembentukan Sekretariat Daerah dan Sekretariat DPRD Pemerintah Kota Bekasi, yang berkedudukan sebagai unsur Perangkat Daerah yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Walikota dan dipimpin oleh Sekretaris Daerah selaku Kepala Satuan Kerja.
Berdasarkan Peraturan Pemerintah No.41 Tahun 2007 dan Permendgari No.5 Tahun 2007
Pemerintah Kota Bekasi membentuk kelembagaan baru salah satunya Bagian Tata Usaha Setda Kota Bekasi yang berada dilingkup Sekretaris Daerah Kota Bekasi, sehingga dinamakan Bagian Tata Usaha Setda Kota Bekasi. Berdasarkan Struktur Organisasi Bagian Tata Usaha Setda Kota Bekasi mempunyai tiga Sub,Bagian, diantaranya :
1. Sub Bagian Tata Usaha Pimpinan Dan Perencanaan;
2. Sub Bagian Protokol Dan Perjalanan Dinas;
3. Sub Bagian Kepegawaian Sekretariat Daerah.